что некоторый лимит все же имеется по записям на сд это понятно, у сд карт он вроде как солидный.
Сильно сомневаюсь, что лимит по перезаписям у sd выше, чем у usb flash. Не забывайте - основное предназначение sd-карт - фото- и видеокамеры, а при этом применении разве что у профессиональных видеооператоров на сотни циклов выходит, да и то не факт.
Я бы на вашем месте сделал следующее - система на sd, для сайтов и логов собрал бы программный raid1 (на mdadm) из двух usb-флешек. По скорости чтения/поиска это даст двухкратный прирост (сравнительно с одной флешкой), а если вдруг одна флешка полетит - на ее место просто ставится другая, без перерыва в работе сервера. Если хочется максимальной надежности - то можно даже три флешки воткнуть, две - сразу в работе, а третья - в горячий резерв, в этом случае если одна полетит, то третья автоматически будет использована вместо нее. А полетевшую достать и на ее место - новую, опять же в горячий резерв. Теоретически хорошо бы и систему на том же рейде расположить, но как это сделать с апельсинкой - не знаю, ибо с рейда только grub'ом грузится пробовал, а его, я так понимаю, для arm нет.
Нюанс - флешки нужно брать обязательно со светодиодом, чтобы при выходе из строя сразу было видно, какую именно менять.