Смотря про какие .jar приложения идет речь...
J2ME (те самые java игры/приложения на мобильник) или обычные .jar для "нормальной" виртуальной Java машины.
Если речь идет об J2ME, то нужно искать эмулятор (сам пока что не нашел под линь)
Если речь идет об "обычных"," нормальных" Java приложениях, то вам нужно скачать JRE (или OpenJRE).